Le film En Guerre ne se contente pas de mettre en scène l'histoire d'une grève, avec ses espoirs et ses déceptions, ses coups de gueule, ses divisions et ses amitiés. Pour Stéphane Brizé, le fond de l'affaire ce sont les choix tactiques et stratégiques faits par les organisations syndicales. Il les schématise en opposant ceux qui ne concèdent rien et veulent maintenir l'activité industrielle et les emplois, à ceux qui n'y croient plus et sont prêts à négocier le montant de la prime supra-légale comme prix de leur résignation, baume sur la blessure plutôt que cagnotte pour rebondir.